2 вопроса

1)Почему одновременно 2 модуля не выводятся на одной странице? Карта загружается только одна...
2)Как можно задать и выделить цветом определенную область (области) на карте?

Добрый день.

При выводе более одной карты на странице надо собирать инициализацию каждой карты в одно место. Сейчас для модулей это не сделано, т.к. я буду это делать после пересмотра всего кода расширений.
Если нужно - сделайте Custom HTML модули и вызовите в них карты плагином. Тогда получится. Пока только такой способ сделать это в модулях.

Выделить можно только если создать оверлей какой-либо. Например, нарисовать ломаную, или многоугольником с закраской

Или какой-либо слой (KML, YMapsML и т.п.)

Какой командой выводится плагин?
Выделить можно только если создать оверлей какой-либо. Например, нарисовать ломаную, или многоугольником с закраской - где это можно сделать?
То есть я могу прям на крате Яндекс, нарисовать неровный участок и выделить его цветом?

Да. Вы можете рисовать многоугольники, линии и т.п. см. Путь
Можно рисовать в другом средстве, получить KML файл, например, и вывести его. см свойства в Муршрутах (KML, GPX... файлы)
Плагин описан в документации